Je nasnadě, že Klokočské skály dostaly název podle obce Klokočí, nad kterou se celý masiv táhne. Některé chalupy mají dokonce sklepy zahloubené v pískovci a jeden z domů, čp. 2, má ve skále zabudovanou i kovárnu. Jak ale vznikl název obce a následně i skal? S největší pravděpodobností je název odvozen od keře klokoč zpeřený (lidově nazývaný „klokočí“), který, byť je v dnešní době chráněný, dříve hojně prorůstal celé skalní město od raného středověku až do poloviny 19. století.
